Sfidava di continuo l'AAU e ne denunciava l'inequità, anche mettendo a rischio la sua idoneità a partecipare alle gare.
Prefontaine mantenne il suo stato di atleta dilettante ma non riuscì mai ad andare a Montreal. Il suo ultimo meeting risale al 29 maggio del 1975, quando partecipò a una gara che contribuì a organizzare contro partecipanti della squadra nazionale finlandese e campioni della corsa a lunga distanza come Frank Shorter. Nella gara dei 5000 m, Prefontaine si accodò a Shorter nei primi tre chilometri, quindi, a tre giri dalla fine, accelerò fino a un ritmo di 63 secondi. All'Hayward Field, davanti a 7.000 spettatori, corse l'ultimo giro in 60" 3 e vinse la gara con un tempo di 13' 23" 8, inferiore di un soffio al suo record personale americano.
Corse il giro della vittoria, partecipò alla festa di premiazione di atletica leggera dell'Università dell'Oregon e passò il resto della serata a rilassarsi e a festeggiare con amici. La più grande stella statunitense dell'atletica leggera era destinata a spegnersi tragicamente più tardi. Poco dopo la mezzanotte, mentre guidava per tornare a casa, la vita di Steve Prefontaine fu stroncata da un incidente stradale a soli 24 anni.
La sua leggenda ha tante sfaccettature. Per generazioni di atleti e atlete di ogni livello, incarna la filosofia secondo cui bisogna allenarsi senza mai risparmiarsi e dare il massimo in gara. Per Nike, è stato sia un ispiratore sulla pista che un innovatore che inaugurò un modo molto originale e personale di ispirare atleti e atlete con il brand. Per runner come lui ostacolati dall'AAU, Prefontaine è stato un leader che ha contribuito a invertire la tendenza a favore del professionismo.
Dopo la morte di Prefontaine, altri si unirono a Nike per sposare la sua causa, portando infine all'abolizione dell'AAU da parte del Congresso degli Stati Uniti nel 1978. È stato probabilmente il suo lascito più importante fuori dalla pista di atletica.