La Cortez, tuttavia, fu solo la prima delle celebri invenzioni di Bowerman, che comprendono otto brevetti registrati, tra cui scarpe con un controtacco esterno, un posizionamento dei tacchetti migliore e un piatto suola chiodato imbottito. Fu anche il primo successo nella sua continua ricerca per la creazione della scarpa da running più leggera possibile.
"Pensava che le scarpe da running potessero essere migliori", afferma Jeff Johnson, il primo dipendente a tempo pieno di Nike, sulle prime innovazioni di Bowerman. "Ha sfidato le nozioni accettate di trazione, ammortizzazione, biomeccanica e persino dell'anatomia stessa".
Bowerman cercò poi di ideare una scarpa con una trazione eccellente su più superfici, senza tacchetti in metallo. La soluzione arrivò una mattina del 1970, a colazione, mentre Bowerman contemplava la forma a nido d'ape del waffle, colmo di sciroppo. "Cosa succederebbe se si invertisse la forma e si creasse un materiale con la trama a nido d'ape del waffle, ma rialzata?", si chiese. Quindi sequestrò la piastra per waffle di famiglia per cuocerci l'uretano fuso al posto dell'impasto. Purtroppo Bowerman dimenticò di ungere prima la piastra con un agente antiaderente e non riuscì più ad aprirla. Nonostante questa battuta d'arresto, non perse la speranza e ideò un materiale in gomma flessibile, elastico e leggero, con trama a nido d'ape rialzata e trazione sull'aderenza.
La squadra Blue Ribbon Sports gareggiò per la prima volta indossando la suola a nido d'ape nei campionati olimpici statunitensi del 1972 a Eugene. A completare le suole a nido d'ape tagliate a mano da fogli di gomma realizzati nella città di Eugene, c'erano le tomaie in nylon spedite dal Giappone. Geoff Hollister, uno dei primi dipendenti della Blue Ribbon Sports, incollò i componenti, creando scarpe da far indossare ad alcuni atleti durante l'allenamento o sul campo di Hayward Field.
Le scarpe realizzate a mano vennero soprannominate "Moon Shoe" a causa della forma unica dell'impronta lasciata sul terreno e che somigliava a quelle degli astronauti americani sulla Luna durante le leggendarie missioni Apollo, avvenute in quel periodo. Le prime iterazioni erano rozze, ma ai runner piaceva la sensazione e la trazione della suola a nido d'ape e la notorietà dell'invenzione si diffuse rapidamente. Bowerman perfezionò il concetto ulteriormente e nel 1974 ideò l'iconica Waffle Trainer.