Siempre se enfrentó a la AAU y denunció la desigualdad, incluso cuando eso hizo peligrar sus opciones de participar en competiciones.
Prefontaine siguió siendo amateur, pero nunca llegó a competir en Montreal. Su última carrera fue el 29 de mayo de 1975, un evento que ayudó a organizar y en el que participaron miembros de la selección finlandesa y pesos pesados del running de fondo, como Frank Shorter. En la carrera de 5.000 m, Prefontaine fue por detrás de Shorter los primeros 3 km, pero, cuando faltaban las últimas 3 vueltas, aceleró a un ritmo de 63 segundos. Con las 7.000 personas que había de público en Hayward Field como testigos, terminó la última vuelta en 60,3 segundos y ganó con un tiempo de 13:23.8, a muy poco de su propio récord en EE. UU.
Corrió una vuelta de la victoria, asistió al banquete de premios de atletismo de la Universidad de Oregón y pasó el resto de la tarde celebrando la victoria con amigos. La historia de la mayor estrella del atletismo de Estados Unidos terminó de forma trágica poco después. Esa medianoche, mientras volvía a casa, tuvo un accidente de coche que le quitó la vida a la temprana edad de 24 años.
Su legado es polifacético. Para muchas generaciones de atletas de diferentes niveles, él representa la filosofía de entrenar al máximo y darlo todo compitiendo. Para Nike, fue una inspiración en la pista y un pionero con una forma muy original y personal de utilizar la marca para motivar a atletas. Para sus compañeros y compañeras runners frustrados por la AAU, Prefontaine fue un líder que les ayudó a poner rumbo a la profesionalización.
Tras su muerte, más personas se unieron a Nike para coger el relevo de su causa. Finalmente, en 1978, el Congreso estadounidense retiró la autoridad que la AAU tenía sobre las competiciones internacionales. Este fue, quizás, su legado más importante fuera de la pista de atletismo.